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En la vecina isla de Java se sucedieron enormes reinos que demostraron su capacidad para edificar grandes monumentos religiosos como el Borobudur, el mayor templo budista del mundo. El último y más poderoso de estos reinos hindú-javaneses fue el Imperio Majapahit (siglo XIV), que conquistó la mayor parte del actual territorio indonesio. Los majapahit se relacionaron comercialmente con lugares tan lejanos como la costa occidental de Nueva Guinea.
Pronto comenzaron a aparecer indios musulmanes que se desperdigaron por todas las islas a partir de los siglos VIII y IX. Para los tiempos de Marco Polo (siglo XIII), ya existían estados islámicos establecidos, que exportaron sus creencias a los reinos de la costa norte de Java, conquistando a los Majapahit hindúes. Como consecuencia de las conversiones sucesivas, hoy Indonesia ha pasado a ser el país con mayor población mahometana de todo el mundo.
Cuando los europeos llegaron a comienzos del siglo XVI, el país se componía de numerosos pequeños estados. Estos eran vulnerables a los colonizadores, quienes buscaban dominar el comercio de especias y controlar los estrechos con fines estratégicos navales. Los portugueses comenzaron a interesarse en el comercio de especias indonesias a partir de 1511, hasta que los holandeses se convirtieron en sus competidores y establecieron
Tras abolirse la "Compañía Holandesa del Este de
Para comienzos del siglo XX, el hartazgo de la población por más de tres siglos de dominación holandesa comenzaba a desestabilizar a la colonia.
Durante
Los primeros 20 años de independencia se vieron dominados por la carismática figura de
Luego, recibió el poder el general Suharto, que dio un gran impulso a las exportaciones indonesias de petróleo en los años 70. Sin embargo, la crisis enconómica que azotó al sudeste asiático en 1997 paralizó la economía indonesia, mientras la rupia perdía hasta el 70% de su valor anterior.
Al año siguiente, Suharto se vio obligado a renunciar luego de 32 años de gobierno, y fue
Actualmente (2006) el país tiene diversos problemas de unificación territorial por motivos como